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爱娃在战争期间的活动逐步带上了政治的色彩。珍珠港事件后，她惊恐不安地看到一股反日歇斯底里笼罩着加里福尼亚。她从报上看到那些日裔美国人家庭遭到威胁，住房窗户被砸碎，墙上涂满了侮辱性语句，他们的孩子遭人唾弃。美国政府计划将沿海地区的日籍公民和日裔美国人统统赶到建于海岛上的集中营去，尽管没有任何证据说明这些人是日本间谍或干了什么坏事。爱娃认为，政府的这种政策是彻头彻尾的种族主义。这件事成了鲍林家饭桌上的中心议题。爱娃告诉孩子们，一个国家的政府在战争期间可以变得怎样的残酷无情。鲍林开始时对此毫无兴趣。爱娃回忆说：“他太忙，根本不知道周围事态发展的情况。”然而爱娃的执着和激情终于感染了鲍林，他很快也认清了美国政策的实质。美国政府说，这样做的目的是保护敏感地区免受日本人的破坏，同时也为了保护那些忠于美国政府的日裔美国人免受愤怒的白人邻居的伤害。然而鲍林和爱娃一样，认为政府的这种做法完全是因为日本人的不同肤色。爱娃说：“在美国竟会发生这样完全违反宪法的事情，真叫人难以置信。”
爱娃全身心投入了反对拘留令的运动。她志愿参加当地的美国公民自由协会，打印信函，分发邮件，鼓动亲友，努力提高公众觉悟。但她的努力于事无补，到1942年，拘留令终于正式颁布实施。西海岸地区的日裔美国人被集中遣送到了海岛上的集中营。
使鲍林亲身感受到事态严重性的是他的一个名叫池田的日裔美籍研究生的遭遇。池田参与了鲍林的免疫学研究，是制造人工抗原的专家，也是鲍林实验室里最有才干的人之一。他不愿到铁丝网后面的营房里消磨岁月，于是请求鲍林帮助他离开沿海禁区以继续自己的工作和学业。1942年整整一年，鲍林到处联系，帮助池田在东部谋取一个职位。“池田是一个讨人喜欢的青年，完全像一个地道的美国人，”鲍林在给哥伦比亚一个同事的推荐信中这样写道，“如同相信任何一个在美国出生的日本人一样，我对他的忠诚毫不怀疑。”由于美国当时与日本处于交战状态，要找到一个愿意接纳池田的学校难上加难。然而最终他还是为池田在东海岸觅得一个职位，使他免受拘留厄运。但鲍林为此付出了代价：他必需用加州理工学院的经费支付这个年轻人的工资。
鲍林评判人的标准是看他的知识和能力，而不是他的肤色。因此当他看到种族歧视的表现，特别是看到政府也在推行这种政策时，就特别感到不安。然而，尽管妻子爱娃在战争期间志愿为美国公民自由协会积极工作，他自己一直专注于科学研究，但是在1945年3月，为了照顾一个日裔美籍人，他家竟然遭到了一次报复行动的袭击，此后鲍林的态度就开始发生了变化。当时公民自由协会洛杉矶分会询问爱娃，她是否能为一个刚从集中营获释、并应征赴歇尔贝军营人伍的日裔美国人提供几天短期的工作，爱娃表示乐于提供帮助，让那个人来家中当两天园丁。于是这个腼腆的日裔青年怀着感激之情来到梅德尔山的鲍林宅第，在院子里做些修剪和清洁工作。他只呆了星期五和星期六两天，随后便去了军营。
哪知星期一的早晨就出了事。鲍林14岁的儿子彼德跑进屋子，气喘吁吁地对着父母大声喊叫：“你们快出去看呀，车库被人涂得一塌糊涂！”鲍林出去一看，简直不能相信眼前的一切，有人在车库门上涂抹了这样的大字：“美国人该死，我们爱日本人，日本人在这里做工。鲍林。”上方胡乱画着一面日本旗，还在邮箱上涂写了“日本人”三字。
鲍林迅速查看了现场，马上打电话报警，并通知了新闻记者。他对记者说：“我不知道谁干了这种有失美国人体面的事情。然而，我怀疑有些心术不正的人认为美国公民也应该遭受迫害，就像德国犹太人遭受纳粹迫害一样。我想这次丑行就是这类人干的。”
报纸刊出鲍林将帕萨迪纳入比作纳粹的报道后，鲍林家就开始不断接到恐吓信和恐吓电话，威胁他们“立刻赶走那个日本人”。鲍林一概不予理睬。不久，一封打印得十分粗劣的短信寄到了鲍林的办公室：“除非你立即赶走那个日本人，我们将烧掉你的房屋，摆平你的身子！……日本人杀死了我的父亲，真可惜他们没有强奸你的亲人。假如你胆敢将此事在报上大肆宣扬，我们将马上收拾你广信的末尾署名”一个邻居“。
鲍林其时正准备去首都华盛顿进行一次例行访问。爱娃得知这封恐吓信后，认为不能在他离家期间毫不设防，于是打电话给当地治安官员寻求保护。接电话的官员却这样回答：“呢，关于这件事，这是你们雇佣了日本人的结果。”
爱娃感到震怒，她立即打电话给美国公民自由协会的朋友们商议对策。迫于律师的压力，治安部门给鲍林家派了一名武装岗哨，并保证将那封恐吓信送交联邦调查局进行调查。就在鲍林准备离家的时候，调查局派来了特工人员。他们向盛怒之中的爱娃查问她觉得谁可能写了这封恐吓信。爱娃向他们发表了一通义愤填膺的长篇讲话，控诉政府的拘留营政策及其对公民自由造成的威胁。特工们耐心地听着，并记下了她的结论性意见：“整个法制体系相当脆弱。”而轮到鲍林说话时，他则冷静地列出了那些可能知道他家雇佣了一个日本园丁的人的名字。
此后没有发生更多的事。两周后，武装岗哨被撤除了。联邦调查局一直未能查出恐吓信的作者，而且警察局也未彻底调查污损鲍林家车库的肇事者。
尽管事情这样过去了，但其影响十分深远。鲍林在东部逗留期间，整天为自己妻儿的安全担心。派武装岗哨站在家门口值勤，这在美国是极不寻常的一种做法；当地治安官员的反应更是使人气馁。鲍林从小受到的教育是要相信政府官员会采取正确的行为，而现实却是必须由律师出场才能维护法律。此外，鲍林还学到了重要的一课：通过像美国公民自由协会这样的志愿者组织在外部施加压力，是能够干成一些事的。
最重要的一点是，如果说，他过去还认为爱娃的政治活动有一点走极端，那么现在事实证明并非如此。那些出于狭隘和偏见对他家进行威胁的人才是真正的极端分子。
用后来通行的一个术语来说，这是一次使鲍林“激进化”的经历。而且，这仅仅是开始。
儿童十字军
五个月以后，随着广岛和长崎被原子弹所毁，鲍林的社会正义感更加提高了一步。鲍林对原子弹的出现从两个方面感到兴趣。开始时，他急于了解原子弹爆炸的物理和力学原理。他通过阅读一般性的介绍文章和一份非正式的名为《用于军事目的的原子能》的政府报告，再利用自己的直觉，终于弄清了有关原理。他惊讶地发现，原子弹相对说来是很简单的，至少在理论上是如此。‘
当时很多美国人像鲍林一样渴望了解原子弹的技术原理。作为一种比过去的任何武器都要强大几百倍的新式武器，原子弹也点燃了公众兴趣的火球。每个人都想了解科学家是怎样把它制造出来的。广岛爆炸后的几个星期，一个了解鲍林兴趣的人邀请他去扶轮社的午餐会上作一次关于原子弹的科普讲座，要求他用外国人也能听懂的语言解释原子弹的爆炸机理。鲍林既不是原子物理学家，又不是实际参加曼哈顿计划的众多工作人员之一，因此他对自已被邀请作这方面的报告有点惊讶，但是他觉得自己有足够的知识作好这件事。除了他过去作过的美国现状系列讲座外，他还很少面对非科技工作者作过演讲。他觉得最好要带一些教具。
鲍林将一只木球锯成两半，并挖成空心，然后用力把它们拍到一起，发生很大的声响。这个教具管用！报告时，鲍林借助黑板图文并茂地解释核裂变的过程。诸如铀、钅不这样一些不稳定的大原子的核里面含有大量的质子和中子。这些不稳定的原子遭到中子轰击时就会发生分裂，同时释放出巨大能量，并使更多的中子解脱出来。这些解脱出来的中子又使更多的原子发生分裂，从而形成了连锁反应。鲍林告诉听众，如果能够控制反应进程，减缓反应速度，那末原子能产生的巨大热量就可用于驱动燃汽轮机。这就是廉价而取之不尽的原子能的理论基础。
如果反应进行得很快而又不受控制，其结果就是一枚炸弹。炸弹的中心是几磅铀或钅不的某种同位素，做成空心球的形状，就像他带来的木球模型一样。关键技术是如何起动核的连锁裂变，使得几乎所有的原子核同时分裂。而曼哈顿计划的工程师们成功地解决了这个问题。他们围绕炸弹的中心部位放置了常规炸药，炸药点燃后，就从各个方向快速地压缩中间的空心球。鲍林把带来的两个木质半球用力地拍打在一起，连锁反应就此起动，巨大的能量一下子释放出来——轰！
讲座给扶轮社成员留下了深刻印象。消息一下子传开了：这里有一个报告作得很棒的大学问家。于是到处有人请他去作关于原子能的报告，鲍林成了南加州最受欢迎的演讲者之一。
但是不久之后，他对原子弹技术方面的兴趣很快就被其他方面更重要的关注取代了。早在原子弹袭击广岛之前，芝加哥、洛斯阿拉莫斯和田纳西州奥克里奇等地的原子弹实验室里的研究者们就已经开始组成讨论小组，研讨他们所做工作的社会和政治含意。这些原子能科学家比任何人更清楚原子弹的实际威力。他们深知，美国对这种威力强大的武器的控制将会改变世界地缘政治的平衡。广岛大爆炸以后，其他的大学和政府实验室也相继组织起讨论小组，原子弹造成的巨大破坏以及被烧焦的妇女儿童的惨象引起普遍的憎恶和义愤。科学家们因为创造了“�